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常用細胞組織等樣品提取total RNA，其中包含mRNA、lncRNA、miRNA和circRNA等所有的RNA種類，暫沒有方法直接提取circRNA。但可以對total RNA進行RNase R消化處理，以使circRNA得到富集。

CircRNA的形成和線性RNA不同，因此對circRNA的過表達不能直接將序列連接到常規(guī)的真核表達載體（如pcDNA3.1）來進行。 已明確的circRNA形成依賴于側翼序列中的反向互補序列（RCMs，如Alu元件）或與能調控circRNA生成的蛋白（如QKI）的結合位點，因此構建載體時可以在circRNA序列上下游分別增加一段反向

考慮感興趣的circRNA是否能翻譯蛋白，可先以ORF Finder分析序列基礎，預測是否有合適的ORF。有一個跨越junction的ORF是最理想的，序列內部不跨越junction的ORF可能和mRNA一樣，沒辦法特異研究circRNA。