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最近，我們又喜提了多位合作老師們的高分文章，首先恭喜各位老師，同時也感謝公司各部門員工們的努力。
 
從這幾篇客戶文章的情況來看，采用蛋白質、核酸相互作用的方法來篩選關鍵蛋白，研究其信號通路，是提升文章點數的一種很有效的方法。
 
以往研究信號通路，很多老師習慣于套用類似樣本的已有研究成果來做“復制型”研究，由于缺乏創(chuàng)新性，很難收獲好的成果。現在，這類篩選型的研究方法，或許可以為您的科研之路打開新的大門。
 
所謂篩選型的互作組學方法，即先經過常規(guī)的Co-IP、RNA pull down、ChIP等實驗獲得的蛋白或核酸產物，采用質譜或測序的方法來檢測，可以一次性獲得大量的結合蛋白/核酸信息。為了方便各位老師的后續(xù)篩選工作，我們還會對這些結果進行生物信息學分析。
 
常見的研究方法列舉如下：
1）研究關鍵蛋白的結合DNA或RNA：ChIP-seq、RIP-seq。
2）研究關鍵蛋白的結合蛋白：Co-IP-MS、GST pull down-MS、TAP-MS、SILAC-IP-MS。 
3）研究關鍵RNA（例如某些重要的lncRNA）或DNA（例如某段啟動子序列）的結合蛋白：RNA pull down、DNA pull down。
 
為了方便其他老師更好的了解這些文章內容，我們?yōu)榇蠹易隽撕唵螀R總。
 
Jiang, S. et al: Cholesterol Induces Epithelial-to-Mesenchymal Transition of Prostate Cancer Cells by Suppressing Degradation of EGFR through APMAP. Cancer Research, 79(12):3063-3075 (2019). ( IF: 9.13)
【研究內容】：前期研究發(fā)現，膽固醇能夠引起前列腺癌細胞中的APMAP和EGFR蛋白在脂筏上積累并促進細胞發(fā)生EMT，并且APMAP通過EGFR起作用，但具體如何作用呢？在本研究中，作者利用Co-IP-MS篩選方法，試圖找到APMAP的結合蛋白。當在細胞中過表達APMAP-3*FLAG后，采用flag抗體做Co-IP實驗，質譜檢測富集到的蛋白成分，并結合生物信息學分析，找到了與APMAP相互作用的蛋白EPS15R；經過一系列基因表達、細胞功能檢測，最終驗證了APMAP/EPS15R/EGFR通路，即APMAP和EPS15R復合物調控了EGFR蛋白的穩(wěn)定性，進而影響前列腺癌細胞的EMT。
<我們的服務：Co-IP-MS/MS，生物信息學分析。>

Gao C.J. et al: The plant ESCRT component FREE1 shuttles to the nucleus to attenuate abscisic acid signaling. Nature Plants, 5(5):512-524 (2019).(IF: 11.471).
【研究內容】：本研究報道了特有囊泡運輸調控蛋白FREE1蛋白穿梭入核，在轉錄水平調控植物ABA信號的全新功能，并揭示了其作用機制。在本研究中，作者發(fā)現脫落酸（ABA）處理會導致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修飾并進入細胞核，在細胞核內FREE1蛋白會與ABA信號途徑的重要轉錄因子ABI5等互作并抑制其轉錄激活活性。其中，為了驗證FREE1蛋白中受ABA影響的磷酸化位點，作者用BA處理樣本后，采用IP方法富集了FREE1和FREE1突變體，之后用LC-MS/MS技術檢測了FREE1及其突變體的磷酸化位點。
<我們的服務：IP-MS/MS磷酸化位點檢測。>

Gu C.M. et al: Discovery of the Oncogenic Parp1, a Target of bcr-abl and a Potential Therapeutic, in mir-181a/PPFIA1 Signaling Pathway. Molecular Therapy: Nucleic Acids (2019).(IF: 5.66).
【研究內容】：miR-181a在白血病特別是慢性粒細胞白血病（CML）中表達下調，并影響疾病發(fā)展、耐藥性和預后，但其靶基因的分子機制尚不清楚。該文章通過基因芯片，SILAC蛋白組學等方法聯合分析，發(fā)現PPFIA1是miR-181a的直接靶基因。當敲低細胞中的PPFIA1后，KIT信號分子的磷酸化水平明顯下調。那么PARP1是如何發(fā)揮作用的呢，作者通過Co-IPMS實驗發(fā)現，PARP1會結合PPFIA1，并通過激活核受體kappa B(NF-kB)-P65的表達而上調KIT蛋白；抑制PPFIA1或PARP1能夠下調c-KIT水平，抑制CML細胞生長，并延長小鼠存活期?？偟膩碚f，該研究揭示了miR-181a/PPFIA1/PARP1/NFkB-P65/KIT的分子調節(jié)軸，并提出PPFIA1和PARP1可能是潛在的CML治療靶點。
<我們的服務：SILAC、Co-IP-MS/MS。>

Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 15(3): 213–220(2018).( IF:26.919 )
【研究內容】：該研究開發(fā)了一種分離RNA結合蛋白的新技術—RICK（Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry）：用EU(ethynyluridine)來標記細胞內的RNA，再將EU生物素化，利用核酸標記，將新合成的RNA標記上生物素，最后通過鏈霉親和素偶聯的磁珠，分離得到相應被標記RNA分子和與其相結合的蛋白分子，包括非polyA RNA和新生RNA在內的一系列RNA分子及其結合蛋白。
<我們的服務：LC-MS/MS。>

Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018). ( IF:19.064 )
【研究內容】：通過分析轉錄抑制復合物NCoR/SMRT在不同細胞環(huán)境中的作用，發(fā)現該抑制復合物作為體細胞重編程中新的限制因素，對重編程因子誘導的相關基因表達調控起了至關重要的抑制作用，涉及的具體機制是該復合物中組蛋白去乙?；窰DAC3對目的基因進行了特異性組蛋白去乙?；揎棧瑥亩鴮е轮鼐幊桃蜃訜o法有效地激活內源性的多能性基因。
<我們的服務：ChIP。>

Bai X.C. et al: Tyrosine kinase Fyn promotes osteoarthritis by activating the β-catenin pathway. Ann Rheum Dis, 0:1–9(2018). ( IF:12.35 ).
【研究內容】：骨關節(jié)炎和軟骨退變過程中，WNT/β-catenin被激活的機制尚未完全明確，本研究利用iTRAQ蛋白質組學技術，篩選了年輕（2月齡）和老齡（12月齡）小鼠的蛋白表達差異，并發(fā)現一種在老年軟骨中強烈上調（12.47倍）的蛋白——酪氨酸激酶Fyn，后續(xù) Western Blot實驗和動物實驗都證實了這一結果。為了探究Fyn促進骨關節(jié)炎發(fā)展的機制，作者將免疫沉淀（IP）與蛋白質組學分析相結合，以鑒定軟骨原代細胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白，并在純化的復合物中發(fā)現了β-catenin的肽序列，表明β-catenin潛在的結合伴侶Fyn。最終證明酪氨酸激酶Fyn可以通過激活β-catenin通路促進關節(jié)炎。
<我們的服務：iTRAQ，LC-MS/MS。>