空間基因組學是一個前沿領域,它結(jié)合了基因組學和空間分析,以單細胞分辨率研究基因組特征在疾病中的作用。
空間基因組學是一個研究領域,重點是分析完整組織內(nèi)基因組特征的空間組織。它涉及通過轉(zhuǎn)錄組學分析和其空間背景內(nèi)的表觀遺傳修飾來同時分析各種分子組分,包括基因組DNA和RNA。這些技術(shù)旨在揭示不同基因組元件之間的空間關系,并提供對組織內(nèi)單細胞的組織和功能的見解,從而使特定基因型與其表型之間的分子聯(lián)系成為可能。
癌癥研究從這些方法中受益匪淺。癌癥基因組以單核苷酸多態(tài)性(SNP)或結(jié)構(gòu)變異(如較大基因組區(qū)域上的拷貝數(shù)改變(CNA))的形式表現(xiàn)出高水平的多樣性。大多數(shù)SNP和/或CNA存在于基因組的非編碼區(qū),它們以癌癥特異性方式影響癌基因和/或腫瘤抑制因子的調(diào)節(jié)。
這種疾病的另一個共同特征是在疾病進展期間非編碼驅(qū)動突變的積累,引起基因組不穩(wěn)定性和腫瘤發(fā)展。在這種情況下,空間基因組學可以提供有關這些非編碼變化的影響的信息,以及也可能影響染色質(zhì)組織的表觀遺傳修飾,促進癌癥的發(fā)展。
一些空間多組學技術(shù)也已發(fā)展,最常見的方法是空間轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的整合。然而,有一種新的方法用于共映射轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組,允許在同一組織切片中研究染色質(zhì)可及性,組蛋白修飾和mRNA表達。這些技術(shù)已被應用于小鼠和人腦樣本,提供了寶貴的見解表觀遺傳和組織內(nèi)的轉(zhuǎn)錄動力學。
單小區(qū)技術(shù)(例如,scRNA-seq)是用于分析單個細胞中基因表達的有價值的技術(shù)。通過捕獲單細胞群體的轉(zhuǎn)錄組,scRNA-seq能夠在詳細水平上探索基因型-表型關系。這些方法已經(jīng)與空間生物學合并,通過以細胞分辨率識別組織的空間組織來實現(xiàn)更高級別的復雜性。Spatial Genomics的GenePS就是利用這種單細胞空間分析的新技術(shù)的一個例子。
空間轉(zhuǎn)錄組學已成為表征腫瘤微環(huán)境的癌癥研究中最重要的技術(shù)之一。它有效地分析了完整腫瘤樣本中的各種細胞類型和狀態(tài),并對空間異質(zhì)性產(chǎn)生了有價值的見解。創(chuàng)新的方法,包括固相捕獲方法,如10X Visium,已被用于分析不同腫瘤類型的腫瘤微環(huán)境。
這些技術(shù)提供了更高的通量,是理想的翻譯應用,通過組織病理學和NGS方法的組合。耦合的組織學和空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)也被用于訓練機器學習算法,旨在預測乳腺癌中的組織病理學注釋和局部基因表達。此外,Slide-Seq和高清晰度空間轉(zhuǎn)錄組學(HDST)已在冷凍保存的Her
2+乳腺癌標本中有效地繪制了單細胞水平的基因表達。
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