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超聲或酶消化均可用于生成適當長度的染色質(zhì)。超聲處理是一種傳統(tǒng)的染色質(zhì)碎裂方法，它利用聲能強行剪切染色質(zhì)。超聲處理染色質(zhì)非常適合進行 ChIP 以評估組蛋白和組蛋白修飾，但是，過度超聲處理會損壞染色質(zhì)并取代結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子和輔助因子。因此，超聲處理通常需要優(yōu)化。  

酶消化使用微球菌核酸酶切割核小體之間的接頭區(qū)域。它溫和地破碎染色質(zhì)并保持染色質(zhì)和結(jié)合蛋白的完整性。因此，它更適合執(zhí)行 ChIP 來評估不太豐富且與DNA 相互作用不太穩(wěn)定的轉(zhuǎn)錄因子和輔助因子。此外，酶消化在實驗之間提供了更好的重現(xiàn)性，但是過度消化可能會導致無核小體區(qū)域的丟失。